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1938年冬，赵希仲担任了皖南新四军军部教导总队训练部长、副总队长，新四军军部北移时任第一纵队参谋长。
从1941年1月7日“皖南事变”发生，到一周以后枪声平息。赵希仲在随队突围中被国军108师俘虏。国军发现他是新四军重要干部，除急电重庆国民政府军事委员会报功外，同时派出重兵将他押送到上官云相司令部。
随即，意志不坚定的赵希仲叛变，他供出了新四军在皖南的人数、武器装备、军事行动及新四军许多领导人的姓名、籍贯、年龄、学历和特征等大量情况，因而受到优待，成了第三战区的座上客。
1941年春，赵希仲与赵凌波一起，由国军用汽车送到江西上饶县上饶集中营七峰岩监狱。同年6月，赵希仲与赵凌波一道自动声明脱离中共，并办了书面的自新手续。
赵希仲叛变后，上饶集中营特务首脑张超委任他为集中营中校军事教官。主要从事对被俘人员的感化工作。
1942年4月，上饶集中营的“军官大队”、“特别训练班”奉命撤并，对外公开名称改为“战时青年训导东南分团”。5月，日军进攻浙赣线，逼向上饶。东南分团于6月5日从驻地周田村出发，往闽北转移。全体被囚人士，在荷枪实弹的宪兵押解下，冒着酷暑烈日，艰难地行进着。6月7日深夜，在石塘镇宿营时，赵乘众人熟睡之机偷逃出来。
赵希仲逃离“东南分团”后，开始到处流浪，当流浪到浙江金华时，因言语不同，形迹可疑，又无良民证，引起日本人的注意而被逮捕，交日本通讯队服苦役，后转送日军义乌工作班搞杂务，并帮助记伙食账和帮办文书，半年后获释。
1943年2月，赵希仲流落到义乌做小生意。同年6月，别人介绍他到杭州河坊街三友饼干店做摇面机工人，不久又被日本人抓去，并押在警备部，以“严重危害社会治安”被判处死刑。因证据不足没有批准执行，一直关押到日本无条件投降后的1946年初，以政治犯被释放出来，辗转回到长安县老家。到老家后，国民党“中统”把他当作是共产党打算逮捕他。赵闻风后逃到甘岷县，惨淡经营大地做小本买卖过日，直到当地解放，才返回老家。
1950年，赵希仲隐瞒叛变历史，由中共西安市委书记赵伯平介绍再次参加革命，由中共西北分局统战部送到陕西高陵县西北人民革命大学学习。1951年调到甘肃兰州西北新华公司任副经理。新华公司改为农具制造厂后，改任秘书科秘书。经过1956年肃反运动，赵希仲的叛党、叛变问题初步暴露，他被撤销职务，监督劳动。
1968年8月的一天深夜，赵希仲投黄河自杀身亡。